一般講的微生物肥料其實是一種菌劑，是一類微生物群體。這類微生物菌劑能夠提供一種或多種對作物生長有益的微生物群落。由于農業上應用的微生物菌劑常常和草炭、泥炭、有機肥料等有機質含量較高的機質混合在一起，所以習慣上把微生物菌劑稱為微生物肥料，人們俗稱為“菌肥”。

     微生物菌肥的作用機理根本不同于化學肥料。能夠提供一種微生物群落的叫“單一微生物肥料”或“專一微生物菌劑（肥料）”;能夠提供兩種以上多種微生物群落的叫“復合微生物菌劑（肥料）”。

     根據微生物的作用劃分，可以將微生物菌劑劃分為“固氮X菌（菌劑）”“解磷X菌（菌劑）”“解鉀X菌（菌劑）”“腐解X菌（菌劑）”等。這些微生物菌劑都可以選擇性地為農業生產服務。微生物肥料的作用主要是提供對作物生長有益的“微生物群落”，而不是“營養元素”。這些有益的微生物施到土壤中后，能產生各種不同作用。微生物在土壤中的生活，活動，可產生很多代謝產物或分泌物，這些分泌物對作物的生長有刺激作用?？偟膩碇v，微生物肥料的作用就是X菌的固定、分解、分泌作用，影響到土壤營養養分的變化。如果土壤養分太低，微生物肥料（菌劑）也無力回天，還得加施有機肥

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